Desde o início, erros crassos, falta de informações, ações baseadas em depoimento de um único fiscal, falta de laudos, entre outros, acabaram municiando quem desgosta das forças-tarefas de combate à corrupção, a Lava-Jato, a principal delas. Não por acaso, os que se sentem atingidos ou ameaçados por essas ações já começam a se movimentar em Brasília. Usando como argumento os excessos cometidos pela PF na Carne Fraca, senadores de vários partidos ganharam fôlego e retomaram o projeto que muda a legislação para endurecer a punição de crimes de abuso de autoridade. O bombardeio à operação tem vindo de todos os lados. E não apenas do agronegócio. O presidente da Associação Nacional dos Delegados de Polícia Federal, Carlos Eduardo Sobral, disse que foi um erro de comunicação a forma como a operação foi divulgada. A Associação Nacional dos Peritos Criminais Federais afirmou que provas apresentadas eram quase exclusivamente contingenciais, o que fez com que servidores tirassem conclusões precipitadas e erradas.

O juiz Marcos Josegrei da Silva, da 14ª Vara Federal de Curitiba, que autorizou a realização de escutas telefônicas para a Operação Carne Fraca, encarregou-se de corrigir o rumo da questão. Para ele, não se trata de condenar a cadeia produtiva e o sistema de fiscalização, mas de “apurar indícios de condutas delituosas de servidores públicos em posições-chave".

De fato, as falhas na condução da Operação Carne Fraca não podem servir para ocultar o aspecto de corrupção revelado pelas investigações. O Ministério da Agricultura exonerou os superintendentes do Paraná, Gil Bueno de Magalhães, e de Goiás, Júlio César Carneiro, acusados de integrar o esquema criminoso. Mas a questão não se encerra aí. É preciso esclarecer como esses funcionários chegaram aos cargos e como agiam em favor dos frigoríficos. A ex-ministra Kátia Abreu, senadora, disse ter cedido a pressões políticas, inclusive de seu partido, o PMDB, para, como ministra da Agricultura, nomear Daniel Gonçalves Filho — ex-superintendente do Paraná preso na operação e apontado como chefe da organização criminosa — a quem se referiu como “bandido” e “marginal”.