A Secretaria-Geral do Exército é responsável por preparar reuniões do alto-comando, conduzir os processos de concessão das medalhas, regular o cerimonial militar da Força, organizar e divulgar os boletins e assessorar o comandante sobre normatização do uso de uniformes.

Fortemente criticado pela atuação como ministro da Saúde na pandemia do novo coronavírus, ele é investigado num inquérito que apura suposta omissão no colapso do sistema hospitalar de Manaus, que sofreu com uma grave crise de falta de oxigênio no início do ano. O inquérito foi aberto no Supremo Tribunal Federal (STF), mas acabou encaminhado à primeira instância depois que Pazuello deixou o ministério e perdeu o foro privilegiado. A gestão dele também passará pelo crivo da CPI da Covid, no Senado.

Em duas ocasiões, Pazuello foi elogiado pelo presidente Jair Bolsonaro. Num evento no Pará, o chefe do Executivo afirmou que o general "fez o dever de casa lá atrás" ao não ter comprado vacinas que dependiam da aprovação da Agência Nacional de Vigilância Sanitária (Anvisa). "Seria uma irresponsabilidade do governo despender recurso para algo que ninguém sabia o que era ainda, porque não estava no mercado", justificou.

Mais cedo em Manaus, Bolsonaro agradeceu a Pazuello pelo desempenho no ministério. De acordo com o chefe do Planalto, o general contribuiu para "diminuir os danos da pandemia". Na capital amazonense, o presidente recebeu o título de cidadão honorário local.

A visita a Manaus, que provocou aglomerações, ocorreu no dia seguinte ao alerta do governador do Amazonas, Wilson Lima, de uma terceira onda da crise sanitária no estado.