Como desdobramento dos episódios da Revolta da Armada, de 1892, o Senado Federal, no dia 28 de agosto de 1893, concedeu licença para que o Senador Almirante Wandenkolk fosse processado no foro civil e não submetido ao Conselho de Guerra, sugestão esta do Presidente da República. Ruy Barbosa encaminhou, então, uma nova petição de habeas corpus ao Supremo Tribunal Federal, em 30 de agosto daquele ano, com o propósito de libertar o Senador e dois militares que estavam presos havia quarenta dias nas fortalezas de Santa Cruz, Laje e Villegaignon, todos envolvidos no incidente do navio Júpiter. Ruy Barbosa utilizou como argumentos o excesso de prazo para a formação de culpa e a imunidade parlamentar, para defender o Senador; e a condição de oficiais reformados, portanto sujeitos ao foro comum e não ao foro militar, para defender os outros.