Em 1873 o Barão de Penedo escreveu o livro “Missão Especial à Roma” que ensejou por parte de D. Antonio de Macedo Costa, bispo do Pará, posteriormente arcebispo da Bahia, a obra “A Questão Religiosa perante a Santa Sé ou a Missão Especial á Roma em 1873 á Luz de Documentos Publicados e Inéditos” de 1886. Tal publicação levou o Barão de Penedo a publicar uma réplica a qual intitulou “O Bispo do Pará e a Missão a Roma”. O embate gerou nova publicação por parte do Bispo; "O Barão de Penedo e a sua Missão a Roma". A Questão Religiosa foi um conflito entre a Igreja Católica e a maçonaria, que acabou se transformando em uma questão de Estado. Ocorreu durante o governo episcopal de Dom Macedo Costa, preso no dia 28 de abril de 1874 e condenado a 4 anos de prisão por crime de sedição.